一、微调部分故障的排除常见的故障是卡死与失效。
微调部分安装在仪器内部，其机械零件细小、紧凑，是便携式金相显微镜中精细复杂的部分。微调部分的故障应由专业显微镜技术人员进行修理。
二、粗调部分故障的排除时，它主要故障是自动下滑或升降时松紧不一。
所谓自动下滑是指镜筒、镜臂或载物台静止在某一位置时，不经调节，在它本身重量的作用下，自动地慢慢落下来的现象。其原因是镜筒、镜臂、载物台本身的重力大于静摩擦力引起的。解决的办法是增大静摩擦力，使之大于镜筒或镜臂本身的重力。对于斜筒及大部分双目显微镜的粗调机构来说，当镜臂自动下滑时，可用两手分别握往粗调手轮内侧的止滑轮，双手均按顺时针方向用力拧紧，即可制止下滑。
另外，镜筒自动下滑，往往给人以错觉，误认为是齿轮与齿条配合的太松引起的。在齿条下加垫片。这样，镜筒的下滑虽然能暂时止住，但却使齿轮和齿条处于不正常的咬合状态。运动的结果，使得齿轮和齿条都变形。尤其是垫得不平时，齿条的变形更厉害，结果是一部分咬得紧，一部分咬得松。因此，这种方法不宜采用。还有一种原因是粗调机构长久失修，润滑油干枯，升降时会产生不舒服的感觉，甚至可以听到机件的摩擦声。这时，可将机械装置拆下清洗，上油脂后重新装配。
三、便携式金相显微镜转换器故障的排除，一般情况下，物镜转换器的故障是定位装置失灵。
一般是定位弹簧片损坏(变形、断裂、失去弹性、弹簧片的固定螺钉松动等)所致,更换新弹簧片时，暂不要把固定螺钉旋紧，应先作光轴校正。等合轴以后，再旋紧螺丝。若是内定位式的转换器，则应旋下转动盘中央的大头螺钉，取下转动盘，才能更换定位弹簧片，光轴校正的方法与前面相同。
